Le Département de géographie affirme son souci d’inclusivité

Montréal, le 3 mars 2017 – S’inscrivant dans les prises de positions récentes en ce sens par d’autres organisations du milieu de la géographie, le Département de géographie de l’Université de Montréal a tenu à réitérer son esprit d’ouverture et d’inclusion. C’est lors de sa 350e Assemblée départementale tenue le 17 février dernier que l’assemblée a adopté à l’unanimité la résolution suivante :
À la lumière de la politique de l’actuelle administration des États‐Unis en matière de science et d’immigration et suite à l’attentat qui a eu lieu au Centre Culturel islamique de Québec en janvier dernier, le Département de géographie de l’Université de Montréal souhaite affirmer son dévouement à la construction de lieux de recherche et d’apprentissage inclusifs et sécuritaires pour tous ses membres et visiteurs, peu importent leurs croyances, leurs origines ethniques ou nationales, leur genre ou orientation sexuelle, leur statut migratoire ou leur condition physique et mentale. Nous considérons que le dialogue et les apprentissages mutuels à travers les différences enrichissent notre milieu. Nous affirmons également de l’importance de la liberté d’expression académique en recherche et enseignement et nous déplorons une politique anti‐savoir, particulièrement en ce qui concerne la recherche liée aux changements climatiques ainsi qu’aux inégalités socio‐spatiales et raciales. Nous considérons enfin que la liberté de mobilité géographique est étroitement liée à la liberté d’expression.
Dans cet esprit, la direction du Département de géographie affirme sa volonté à offrir des espaces inclusifs et sécuritaires et invite ses membres et collaborateurs qui pourraient avoir besoin de soutien ou encore qui souhaiteraient discuter de ces enjeux à la contacter.

http://geographie.umontreal.ca/fileadmin/Documents/FAS/geographie/Nouvelles/Communique_Inclusivite_Dpt_Geographie_UdeM_03_03_2017.pdf

paleofire 1.1.9 !

A new version of the R package paleofire 1.1.9 is available on CRAN (https://CRAN.R-project.org/package=paleofire) and GitHub (https://github.com/oblarquez/paleofire). The release includes few bug fixes and improvements of existing functions, including more flexibility in pfAddData function and new options in kdffreq, see examples below:

library(paleofire)
# Control the type and format of user defined charcoal files
# here for examples csv files with three columns 
#(depth, age and char) separated with semicolon and with "." 
# character used in the file for decimal points:

head(read.csv("http://blarquez.com/public/data/Ben_area.csv"
              ,sep=";"))
files=c("http://blarquez.com/public/data/Ben_area.csv",
 "http://blarquez.com/public/data/Small_area.csv")
mydata=pfAddData(files=files, sep=";", dec=".")
# Transform and compositing:
TR=pfTransform(add=mydata, method=c("MinMax","Box-Cox","Z-Score"),
 BasePeriod=c(200,2000))
COMP=pfComposite(TR1, bins=seq(0,8000,500))
plot(COMP)

screen-shot-2016-10-13-at-9-44-55-am


# Estimate the frequency of armed conflicts from 1946 to 2014 
 # using kernel density estimation from kdffreq
 # Data from the The Uppsala Conflict Data Program (UCDP) available at: https://www.prio.org

 dat=read.csv('http://ucdp.uu.se/downloads/ucdpprio/ucdp-prio-acd-4-2016.csv')
 res=kdffreq(dat$Year,bandwidth = "bw.ucv", nbboot=1000, up = 1946, lo = 2014, interval=1, pseudo=T)
 plot(res, ylab="# armed conflict/year")

screen-shot-2016-10-13-at-10-03-22-am

New paper: Land-use change outweighs projected effects of changing rainfall on tree cover in sub-Saharan Africa

I am pleased to share this new article with Julie Aleman and Carla Staver: DOI: 10.1111/gcb.13299 (preprint) about modelling of future tree cover in sub-Saharan Africa.

Abstract: 
Global change will likely affect savanna and forest structure and distributions, with implications for diversity within both biomes. Few studies have examined the impacts of both expected precipitation and land-use changes on vegetation structure in the future, despite their likely severity. Here we modeled tree cover in Sub-Saharan Africa, as a proxy for vegetation structure and land cover change, using climatic, edaphic and anthropic data (R2 = 0.97).
Projected tree cover for the year 2070, simulated using scenarios that include climate and land-use projections, generally decreased, both in forest and savanna, although the directionality of changes varied locally. The main driver of tree cover changes was land-use change; the effects of precipitation change were minor by comparison. Interestingly, carbon emissions mitigation via increasing biofuels production resulted in decreases in tree cover, more severe than scenarios with more intense precipitation change, especially within savannas.
Evaluation of tree cover change against protected area extent at the WWF Ecoregion scale suggested areas of high biodiversity and ecosystem services concern. Those forests most vulnerable to large decreases in tree cover were also highly protected, potentially buffering the effects of global change. Meanwhile, savannas, especially where they immediately bordered forests (e.g. West and Central Africa), were characterized by a dearth of protected areas, making them highly vulnerable. Savanna must become an explicit policy priority in the face of climate and land use change if conservation and livelihoods are to remain viable into the next century.

Screen Shot 2016-03-31 at 10.48.03 PM

Figure 3 | Tree cover change projections from 2000-2070 – RCP 2.6 (left maps), biome distribution shifts based on tree cover changes (middle), and WWF Ecoregion conservation risk based on tree cover change and protected area coverage (right). Projections are based on climate and anthropogenic change together (a), anthropogenic change only (b) and climate change only (c).

New paper: Biomass offsets little or none of permafrost carbon release from soils, streams, and wildfire: an expert assessment

I am pleased to share this new article based on an expert assessment approach leaded by Ben Abbott. The paper is available via http://iopscience.iop.org/article/10.1088/1748-9326/11/3/034014/meta;jsessionid=B9105E9A62A05ADEBDBD3CAA8F3A4A64.c3.iopscience.cld.iop.org

Abstract: As the permafrost region warms, its large organic carbon pool will be increasingly vulnerable to decomposition, combustion, and hydrologic export. Models predict that some portion of this release will be offset by increased production of Arctic and boreal biomass; however, the lack of robust estimates of net carbon balance increases the risk of further overshooting international emissions targets. Precise empirical or model-based assessments of the critical factors driving carbon balance are unlikely in the near future, so to address this gap, we present estimates from 98 permafrost-region experts of the response of biomass, wildfire, and hydrologic carbon flux to climate change. Results suggest that contrary to model projections, total permafrost-region biomass could decrease due to water stress and disturbance, factors that are not adequately incorporated in current models. Assessments indicate that end-of-the-century organic carbon release from Arctic rivers and collapsing coastlines could increase by 75% while carbon loss via burning could increase four-fold. Experts identified water balance, shifts in vegetation community, and permafrost degradation as the key sources of uncertainty in predicting future system response. In combination with previous findings, results suggest the permafrost region will become a carbon source to the atmosphere by 2100 regardless of warming scenario but that 65%–85% of permafrost carbon release can still be avoided if human emissions are actively reduced.

Figure 2. Estimates of change in non-soil biomass, wildfire emissions, and hydrologic carbon flux from the permafrost region for four warming scenarios at three time points. All values represent change from current pools or fluxes reported in table 2. Biomass includes above and belowground living biomass, standing deadwood, and litter. Dissolved and particulate organic carbon (DOC and POC respectively) fluxes represent transfer of carbon from terrestrial to aquatic ecosystems. ‘Coast’ represents POC released by coastal erosion. Representative concentration pathway (RCP) scenarios range from aggressive emissions reductions (RCP2.6) to sustained human emissions (RCP8.5). Box plots represent median, quartiles, and minimum and maximum within 1.5 times the interquartile range. Relative change (percent change from current state) is presented in figure S1 and full distributions are presented in figures S2–S4.

Citation: Abbott, B. W., Jones, J. B., Schuur, E. A. G., III, F. S. C., Bowden, W. B., Bret-Harte, M. S., Epstein, H. E., Flannigan, M. D., Harms, T. K., Hollingsworth, T. N., Mack, M. C., McGuire, A. D., Natali, S. M., Rocha, A. V., Tank, S. E., Turetsky, M. R., Vonk, J. E., Wickland, K. P., Aiken, G. R., Alexander, H. D., Amon, R. M. W., Benscoter, B. W., Bergeron, Y., Bishop, K., Blarquez, O., Bond-Lamberty, B., Breen, A. L., Buffam, I., Cai, Y., Carcaillet, C., Carey, S. K., Chen, J. M., Chen, H. Y. H., Christensen, T. R., Cooper, L. W., Cornelissen, J. H. C., de Groot, W. J., DeLuca, T. H., Dorrepaal, E., Fetcher, N., Finlay, J. C., Forbes, B. C., French, N. H. F., Gauthier, S., Girardin, M. P., Goetz, S. J., Goldammer, J. G., Gough, L., Grogan, P., Guo, L., Higuera, P. E., Hinzman, L., Hu, F. S., Hugelius, G., Jafarov, E. E., Jandt, R., Johnstone, J. F., Karlsson, J., Kasischke, E. S., Kattner, G., Kelly, R., Keuper, F., Kling, G. W., Kortelainen, P., Kouki, J., Kuhry, P., Laudon, H., Laurion, I., Macdonald, R. W., Mann, P. J., Martikainen, P. J., McClelland, J. W., Molau, U., Oberbauer, S. F., Olefeldt, D., Par ́e, D., Parisien, M.-A., Payette, S., Peng, C., Pokrovsky, O. S., Rastetter, E. B., Raymond, P. A., Raynolds, M. K., Rein, G., Reynolds, J. F., Robard, M., Rogers, B. M., Sch ̈adel, C., Schaefer, K., Schmidt, I. K., Shvidenko, A., Sky, J., Spencer, R. G. M., Starr, G., Striegl, R. G., Teisserenc, R., Tranvik, L. J., Virtanen, T., Welker, J. M., and Zimov, S. (2016). Biomass offsets little or none of permafrost carbon release from soils, streams, and wildfire: an expert assessment. Environmental Research Letters, 11(3):034014.

PhD: Dynamique plurimillénaire des écosystèmes de l’est du Québec et du Labrador: influence des feux et du climat

Description : Deux principaux types de pessières noires caractérisent aujourd’hui les forêts boréales de la portion est de l’Amérique du Nord (Québec méridional) : la pessière noire à mousses et la pessière noire à lichens. Plusieurs auteurs ont démontré que le régime des feux des derniers millénaires a conduit à une ouverture des paysages forestiers par la transformation de la pessière à mousses (forêt fermée) en pessière à lichens (forêt ouverte) (Richard et al. 1982, Asselin et Payette 2005). La présente étude s’inscrit dans la poursuite de ces travaux. Elle est également en relation avec le développement de stratégies d’aménagement visant à assurer la résilience des forêts d’épinette noire (régénération, densité et croissance) dans un contexte de changements climatiques. La reconstruction des paléoincendies en lien avec les changements climatiques est une information indispensable afin de mieux comprendre la dynamique plurimillénaire de la végétation (Ali et al. 2012, Blarquez et al. 2015). Les objectifs spécifiques de ce projet sont :

  • D’utiliser les outils de la paléoécologie (pollen, charbons de bois, macro-restes contenus dans les sédiments lacustres) afin de déterminer les mécanismes responsables de la transition de la pessière à mousses vers la pessière à lichens.
  • De reconstruire, pour l’Holocène, la réponse des pessières à mousses aux modifications de la fréquence des incendies et du climat le long d’un gradient écologique longitudinal et d’un gradient latitudinal. Le long du gradient longitudinal (ouest vers est), les forêts sont de plus en plus influencées par des conditions océaniques (Atlantique). Le long du gradient latitudinal (sud vers nord), le climat se refroidit, le relief s’adoucit et les feux sont de plus en plus fréquents.
  • De combler un manque important de connaissances paléoécologiques dans l’est du Québec et au Labrador.
  • D’établir des liens avec les autres composantes d’un programme d’étude visant à mieux comprendre les facteurs qui affectent la densité et la croissance des peuplements situés aux limites de la forêt boréale fermée suite à des perturbations naturelles ou anthropiques (coupe forestière), dans un contexte de changements climatiques.
  • À bonifier les états de référence (ex. proportion de vieilles forêts à maintenir dans les paysages aménagés) par de meilleures connaissances sur la variabilité naturelle des forêts au cours de l’Holocène (Boucher et al. 2009).

Afin de caractériser les deux gradients à l’étude, trois transects d’une longueur moyenne de 100km seront définis. Le premier sera localisé au nord de Sept-Îles, le second le long de la rivière Romaine et le troisième au nord de Blanc-Sablon. Les travaux de terrain seront réalisés à l’été 2016. Au total, 6 lacs seront échantillonnés. Tous seront analysés en regard des charbons de bois alors que trois (1 par transect) seront étudiés pour le pollen et les macrorestes. Les charbons de bois seront utilisés afin de reconstruire l’incidence passée des incendies, les assemblages polliniques et les macrorestes permettront de reconstruire la végétation alors que les données climatiques seront obtenues par simulation (GCM) (Ali et al. 2009). Ces résultats seront mis en relation avec ceux provenant de l’analyse de sédiments organiques (étude connexe) dans un but de comparaison de l’histoire Holocène provenant de deux types d’archives (lacs et tourbières).

Supervision : Olivier Blarquez (Université de Montréal); Adam Ali (Université de Montpellier)

Qualifications requises :     Maîtrise en biologie, en écologie, en géographie ou en foresterie. Bilinguisme (français-anglais).

Soutien financier : Bourse annuelle de 18 000 $ (CDN) pour trois ans (compléments disponibles).

Les personnes intéressées sont priées de faire parvenir leur curriculum vitae, une lettre de motivation ainsi que les coordonnées de deux référents par email à Olivier Blarquez (blarquez@gmail.com) et Adam Ali (ali@univ-montp2.fr).

Image credits

Data: Tree biomass reconstruction shows no lag in post-glacial afforestation of eastern Canada

Data from: Blarquez O. and J. Aleman. Tree biomass reconstruction shows no lag in post-glacial afforestation of eastern Canada. Canadian Journal of Forest Research. DOI: 10.1139/cjfr-2015-0201

You can use the application below for viewing and downloading specific time slice data. The shiny application is also available here, all data are zipped here. Simply decompress the archive, then in R use for example:

load('acer_50km_data_8000BP.rda')
# plot the raster object
plot(gr$raster)
# view data
head(gr$df)
# check projection
gr$proj4
# gr is an object of the class "pfGridding" 
# from the paleofire package and can be manipulated 
# and modified using the plot function: 
library(paleofire)
?plot.pfGridding
p=plot(gr,continuous=F,col_class=c(0,5,10,15),
       cpal = "Purples", anomalies=FALSE, points=TRUE,
       empty_space = 5)
p